Os programas de Cooperação Territorial Europeia (CTE), cofinanciados pelos fundos europeus e também conhecidos pelo acrónimo 'Interreg', assumem-se como o principal instrumento da União Europeia para apoiar a prossecução dos objetivos da política de coesão e o processo de integração europeia.

Os Interreg articulam-se em três vertentes de cooperação: 

1. Transfronteiriça Espanha-Portugal (Interreg A, programa POCTEP); 

2. Transnacional (Interreg B, programas Espaço Atlântico (EA) e Sudoeste Europeu (SUDOE)); 

3. Inter-regional (Interreg C, atual programa Europe).

Desde as primeiras convocatórias Interreg, foram financiados em Portugal 542 projetos, envolvendo mais de 332 milhões de euros. Devido à extensão do território e da população abrangida pela área de intervenção ao longo de toda a fronteira, o programa de cooperação transfronteiriça Espanha-Portugal é, de entre os programas de CTE, aquele em que Portugal tem maior presença, com 57 % dos projetos financiados. Seguem-se as vertentes transnacional, com 31%, e inter-regional, com 13%.

O ecossistema de investigação da U.Porto tem tradição de participação nos projetos Interreg, registando-se, até à data, 61 projetos aprovados (37 POCTEP, 14 EA, 7 SUDOE e 3 Europe), com um financiamento captado de cerca de 11.4 milhões de euros.

Face a estes resultados, a U.Porto demonstra uma crescente capacidade de articulação institucional, liderança interna e representação, o que lhe confere maior solidez e, consequentemente, o desenvolvimento de lógicas de concertação com as estratégias regionais e/ou nacionais, vertida numa maior capacidade de acesso a fundos Interreg.